Revizori Evropske unije izrazili su ozbiljnu sumnju u vezi sa upravljanjem projektima obnove na Balkanu. Prema revizorima, petina ugovora koje je EAR potpisala 2003. sadrži "anomalije".
Nemački tužioci istražuju navode da su dve "strane firme" podmitile jednog člana agencije da bi osigurale pobedu na javnom konkursu 2002. godine čija je vrednost bila 49,8 mil EUR. Sumnja se da su Siemensu i Lurgi Lentjes Service, koji je u međuvremenu kupila holandska kompanija HTP Investment, podmitile menadžera EAR, da bi im osigurao ugovor za obnovu elektrane u Beogradu. Istraga je, naime, utvrdila da je ponuda konzorcijuma britanske energetske grupe Innogy i francuskog proizvođača opreme za elektrane, Alstomk, bila povoljnija.